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算法工程师-虚拟细胞建模

· 北京 / 杭州 · 阿里巴巴控股集团

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        "responsibilities": "算法工程师-虚拟细胞建模\n\n基础信息\n毕业起止时间要求:2026-11-01 - 2027-10-31\n职位类别:技术类\n招聘项目:阿里巴巴2027届应届生\n工作地点:北京 / 杭州\n\n职位描述\n1.虚拟细胞基础模型研发:开发与迭代单细胞及多模态虚拟细胞基础模型,实现细胞状态的表征、生成与跨上下文泛化预测。\n2.扰动响应预测:开发基因扰动(CRISPR敲除/敲低)与药物扰动响应预测模型,研发组合扰动外推方法,支撑虚拟筛选。\n3.多模态与时空建模:构建转录组、蛋白组、染色质可及性、空间组学等跨模态对齐与融合模型,推进基因-蛋白-通路-细胞跨尺度耦合建模。\n4.预测-验证闭环:与湿实验团队(单细胞建库、CRISPR筛选、类器官与功能验证)紧密协作,基于实验反馈迭代优化模型与数据策略。\n\n职位要求\n1.计算生物学、生物信息学、计算机科学、基因组学、系统生物学或相关专业博士学位。\n2.精通Python编程,熟练掌握PyTorch(或TensorFlow)等主流深度学习框架,具备独立完成模型设计、训练与评估的能力。\n3.熟悉Transformer、生成模型(扩散模型/flow matching)、图神经网络等主流模型架构的原理与实现,有大规模模型预训练经验。\n4.具备扎实的单细胞组学基础,理解单细胞数据处理、批次效应校正、细胞注释与轨迹分析等核心方法。\n5.熟悉虚拟细胞/单细胞基础模型领域主流方法与工具,如scGPT、scFoundation、STATE等,了解其原理与适用边界。\n6.熟悉单细胞与扰动相关数据库及图谱(CELLxGENE、GEO、Perturb-seq等)的使用与数据处理。\n7.有良好的学术产出记录:在顶级会议(NeurIPS、ICML、ICLR等),顶级期刊(CNS及其子刊)发表过多篇第一作者论文。\n8.良好的中英文文献阅读与学术写作能力,具备跨团队协作与沟通能力。\n\n在招业务\n阿里巴巴控股集团",
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